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經常使用的多肽的書寫有兩種類型——單字母和三字母方式。不管是哪一種方式書寫。只要同屬于一條肽鏈,則它要表達的多肽結構便是相同的。書寫出的多肽序列不只是自己可以懂得,讓他人也可以正確認識。為防止出現(xiàn)解析爭論;國際上一致規(guī)定:多肽的N端(氨基端)在最左邊,多肽的C端(羧基端)在最右邊。
多肽的單字母書寫形式
簡單來說就是一個字母表示一個氨基酸(便于記錄和書寫)。氨基酸的單字母選取并不是隨便的。目前通用的單字母規(guī)則主要是比較常見的20種氨基酸,氨基酸用大寫字母(L-氨基酸)表示。例如A表示L-丙氨酸(Alanine)、C表示L-半胱氨酸(Cysteine)和G表示L-甘氨酸(Glycine)。倘若氨基酸的結構變化,例如D-丙氨酸(Alanine),在用單字母表示時,我們則用小寫字母表示。例如D-丙氨酸(Alanine)用a表示,D-異亮氨酸(Isoleucine)用i表示和D-甲硫氨酸(Methionine)用m表示。
多肽序列單字母書寫舉例
①多肽序列1:GTFLVRCDMA,共10個氨基酸,所有字母均是大寫,則表示所有的氨基酸均是天然存在的L型氨基酸。
②多肽序列2:GTFLvRCdMA,共10個氨基酸,序列里面有兩個氨基酸是小寫,說明對應的兩個氨基酸是D型氨基酸。
③多肽序列1:GTFLVRCDMA也可以寫成H-GTFLVRCDMA-OH,左邊的H-代表N端的氨基,右邊的-OH代表C端的羧基。不過一般通常為了美觀整齊,H-和-OH同時寫或同時不寫。
④多肽序列3:GTFLVRCDMA-NH2,與多肽序列1的區(qū)別是,右邊多了-NH2,代表C端酰胺化。
⑤多肽序列4:AC-GTFLVRCDMA,與多肽序列1的區(qū)別是,左邊多-AC,代表N端乙酰化。
多肽的三字母書寫方式
什么叫三字母?
簡單來說就是三個字母代表一個氨基酸,并且三字母和前面提到的單字母是一一對應關系。三個字母中,第一個字母大寫,第二和第三個字母小寫,如丙氨酸(Alanine)用Ala表示、半胱氨酸(Cysteine)用Cys表示。
多肽三字母書寫舉例
①多肽序列1對應的三字母書寫為:H-Gly-Thr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH.
②多肽序列3對應的三字母書寫為:H-Gly-Thr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-NH2,C端酰胺化。
③多肽序列4對應的三字母書寫:Ac-Gly-Thr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH左邊多-Ac,代表N端乙?;?。
特殊多肽序列的書寫
例如:磷酸化氨基酸的書寫
①:H-Gly-pThr-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH
②:H-Gly-Thr(PO3H2)-Phe-Leu-Val-Cys-Asp-Met-Ala-OH
寫到最后:
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