肽庫是大量具有特定長度和不同序列的小肽的集合，包括這種長度的短肽中各種(或大部分)氨基酸序列的排列組合。肽庫最早是由Geyson等人于1986年提出的。他們認為蛋白質分子之間的結合或識別主要是由局部肽段上的幾個氨基酸殘基相互作用完成的，這些氨基酸形成非共價鍵；雖然有些多肽的序列與抗原的天然表位不同，但結合抗體或配體的方式是相同的，所以這種帶有關鍵氨基酸殘基的多肽稱為模擬表位。模擬表位的概念對肽庫的發(fā)展起著重要的推動作用。肽庫可以為藥物設計、蛋白質相互作用等生化和藥物研究應用提供有力的工具。

(1)基于已知結構的定制肽庫。

在已知化合物結構的基礎上，通過以下方法構建和設計了一系列多肽，并對目標化合物的功能和適應癥進行了篩選，以期獲得具有靶向藥效的新分子或結構。

n端、C端、側鏈修飾:酰化、酯化、聚乙二醇化、β-氨基酸取代、D-氨基酸取代、主鏈氨基甲基化、二硫鍵取代、構象鎖定(螺旋、β-片)、鏡像多肽、環(huán)肽(端對端環(huán)化、側鏈環(huán)化)、特殊分子標記、羥基酸取代。

(2)噬菌體展示肽庫。

人工合成編碼隨機多肽片段的基因，然后將這些基因克隆到噬菌體載體中。利用噬菌體表位展示技術將多肽展示在噬菌體表面，構建了多肽文庫。篩選時，根據(jù)特異性受體靶標與肽庫中某些多肽的特異性相互作用，從文庫中篩選出與特異性靶標結合的多肽。

(3)一株一物化學組合多肽庫。

組合庫是通過在樹脂上隨機合成多肽來合成數(shù)千個多肽的多肽文庫。例如，5肽庫中有55個五肽，9肽庫中有99個九肽。然后根據(jù)特異性受體靶標與肽庫中某些多肽的特異性相互作用，篩選出與特異性靶標結合的多肽。

(4)DNA編碼的化學組合多肽庫。

載體樹脂上的隨機合成肽含有由數(shù)千個多肽和DNA合成的DNA組成的肽庫，其中合成了幾個核苷酸來編碼每個氨基酸的多肽。篩選時，受體靶標需要連接一個熒光分子。如果多肽與受體結合，相應的樹脂就會發(fā)出熒光。然后，將這些熒光樹脂作為聚合酶鏈反應擴增的模板，然后測序以獲得多肽信息。

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